[Olena-patches] last-svn-commit-227-g2290b5c Import files from milena/sandbox/green.

* mln/accu/stat/histo1d.hh: New header file. * mln/accu/stat/histo2d.hh: New header file. * mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh: New header file. * mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh: New header file. * mln/clustering/k_mean.hh: New header file. * mln/clustering/kmean1d.hh: New header file. * mln/clustering/kmean2d.hh: New header file. * mln/clustering/kmean3d.hh: New header file. * mln/clustering/kmean_rgb.hh: New header file. * mln/display/display_histo.hh: New header file. * mln/display/project_histo.hh: New header file. * mln/fun/p2b/achromatic.hh: New header file. * mln/fun/p2b/component_equals.hh: New header file. * mln/fun/v2v/achromatism.hh: New header file. * mln/fun/v2v/hue_concentration.hh: New header file. * mln/fun/v2v/int_u16_to_int_u14.hh: New header file. * mln/fun/v2v/int_u16_to_int_u14.hh: New header file. * mln/fun/v2v/log.hh: New header file. * mln/fun/v2v/rg_to_rgb.hh: New header file. * mln/fun/v2v/rgb8_to_int_u8: New header file. * mln/fun/v2v/rgb_to_achromastism_map.hh: New header file. * mln/fun/v2v/rgb_to_hsv.hh: New header file. * mln/fun/v2v/rgb_to_hue_map.hh: New header file. * mln/fun/v2v/rgb_to_saturation_map.hh: New header file. * mln/fun/v2v/rgb_to_value_map.hh: New header file. * mln/img_path.hh: New header file. * mln/io/plot/save_image_sh.hh: New header file. * mln/math/cell.hh: New header file. * mln/math/floor.hh: New header file. * tests/accu/stat/histo1d/Makefile.am: New makefile. * tests/accu/stat/histo1d/histo1d.cc: New source. * tests/accu/stat/histo2d/Makefile.am: New makefile. * tests/accu/stat/histo2d/histo2d.cc: New source. --- scribo/sandbox/green/ChangeLog | 9 + scribo/sandbox/green/README | 223 ++++++++++++++++++-- scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo1d.hh | 1 - scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo2d.hh | 9 +- scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh | 1 + scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh | 2 + .../sandbox/green/use/accu/stat/histo1d/histo1d.cc | 2 - 7 files changed, 224 insertions(+), 23 deletions(-) diff --git a/scribo/sandbox/green/ChangeLog b/scribo/sandbox/green/ChangeLog index 7bb6646..b557ccf 100644 --- a/scribo/sandbox/green/ChangeLog +++ b/scribo/sandbox/green/ChangeLog @@ -159,6 +159,15 @@ 2010-06-21 Yann Jacquelet &lt;jacquelet(a)lrde.epita.fr&gt; + Save histogram library. + + * mln/accu/histo/histo1d.hh: New header file. + * mln/accu/histo/histo2d.hh: New header file. + * mln/accu/histo/histo3d_rgb.hh: New header file. + * mln/accu/histo/histo3d_hsl.hh: New header file. + +2010-06-21 Yann Jacquelet &lt;jacquelet(a)lrde.epita.fr&gt; + Simple integration test. * README: New text file. diff --git a/scribo/sandbox/green/README b/scribo/sandbox/green/README index 4eb71b7..3efe50d 100644 --- a/scribo/sandbox/green/README +++ b/scribo/sandbox/green/README @@ -1,32 +1,219 @@ -Le travail est classé dans deux répertoires ok et ko. -Le répertoire ok correspond aux sources qui ont été reprises et retestées. -Le répertoire ko correspond aux sources qui ont été juste transférées. +I ARBORESCENCE +-------------- -La première brique logicielle importante sur laquelle s'appuie mes travaux est -la création d'histogrammes sous forme d'image. +bench ==> Comparaison d'algorithmes d'un point de vue temps d'exécution. +bug ==> Bug rencontrés dans milena et archivés sous forme de programme. +build ==> Répertoire d'exécution, non sauvé dans git. +demo ==> Première version d'un algorithme pour voir son comportement. +doc ==> Documentation tex ou code minimal pour de petits exemples. +exp ==> Version avancée des algorithmes pour traitées les bases de données. +mln ==> Partie mise en librairie milena des différents travaux. +tests ==> Tests unitaires sur certains algorithmes. +tools ==> Découpage de certains algorithmes pour mieux les tester séparément. +use ==> Test de compilation, code minimal pour compiler un élément. +II COMPILATION +-------------- -CREATION DES HISTOGRAMMES -------------------------- +L'unité minimale de code choisie est le répertoire. +Donc aller dans le répertoire qui nous interesse, +par exemple, green/demo/annotating/hsv et lancé le make -ko/mln/accu/stat/histo1d.hh: histogramme image valeur scalaire. -ko/mln/accu/stat/histo2d.hh: histogramme image valeur vectorielle 2d. -ko/mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh: histogramme image valeur vectorielle 3d (HSL). -ko/mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh: histogramme image valeur vectorielle 3d (RGB). +#:~/git/olena/scribo/sandbox/green$cd demo/annotating/hsv +#:~/git/olena/scribo/sandbox/green/demo/annotating/hsv$ make -f Makefile.am +Cette opération créé dans build le répertoire de compilation +green/build/demo/annotating/hsv. Dans ce répertoire aura été copié un +Makefile et tous les fichiers qui ne sont pas des sources. Par +exemple, des fichiers de calibration comme gaussian.sh (pour vérifier +la mire du filtre de gaussienne) ou de la documentation à la sauvette +sous forme de fichiers textes jetés à la va vite dans le répertoire +pour ne pas perdre l'information recherchée. En l'occurence, ici, il +n'y a rien à copier. Rendons-nous dans le répertoire de compilation et lançons +le makefile. +#:~/git/olena/scribo/sandbox/green/demo/annotating/hsv$ +cd ../../../build/demo/annotating/hsv +#:~/git/olena/scribo/sandbox/green/build/demo/annotating/hsv$ make clean all -ok/mln/accu/histo/histo1d.hh: histogramme image valeur scalaire entière. -ok/mln/accu/histo/histo2d.hh: histogramme image valeur vectorielle 2d entière. -ok/mln/accu/histo/histo3d.hh: histogramme image valeur vectorielle 3d entière. +L'exécutable est généré par le makefile, il porte le nom du +répertoire. Si il y a besoin de mettre à jour le makefile, le faire +dans le répertoire des sources en éditant Makefile.am, puis en +régénérant le Makefile dans le répertoire d'exécution par la commande +make -f Makefile.am depuis le répertoire source. -SAUVEGARDE DES HISTOGRAMMES ---------------------------- +III MAKEFILE +------------ +Les makefiles utilisés sont tous les mêmes avec quelques variables +dont le contenu change dans leur partie en-tête. +Pour chaque répertoire, le makefile doit savoir si le chemin courant +est un répertoire de compilation ou un répertoire de source. Pour les +identifier, il a recours à un pattern qui malheureusemnt fait +intervenir le nom de la branche de développement (bench,demo,bug,exp ...). +SOURCE_PATTERN= green/demo +BUILD__PATTERN= green/build/demo -VISUALISATION DES HISTOGRAMMES ------------------------------- \ No newline at end of file +Si un makefile ne fonctionne pas, il faut vérifier ceci en premier +lieu. Ici, le makefile doit être situé dans la branche démo. + +Autre élément à savoir, la compilation nécessite d'inclure la +librairie milena, ainsi que les développements propres en vu de leur +intégration futur dans milena, ceci est fait par un jeu d'INCLUDES1 +et INCLUDES2. + +INCLUDES1= -I$(HOME)/git/olena/scribo/sandbox/green +INCLUDES2= -I$(HOME)/git/olena/milena +INCLUDES= $(INCLUDES1) $(INCLUDES2) + +Suivant l'allure du compte où l'on exécute les makefiles, il faut +revoir le chemin pour trouver des deux répertoires. + +Enfin, les options de compilations ne sont pas toujours les mêmes. Les +trois lignes possibles sont toutes présentes et seule celle qui est +utilisée n'est pas commentée. Typiquement, dans la branche de +développement démo où les perfomances ne sont pas le problème, on +compilera avec tout le matériel pour utiliser gdb et sans +optimisation. A l'inverse, dans la branche d'expérimentation, où le +code a déjà été testé, on cherche à aller vite car on exécute ce code +sur de nombreuses images. Dans cette optique, pas de débugage, pas de +traçage, optimisation conséquente. + +CXXFLAGS= -ggdb -O0 -Wall -W -pedantic -ansi -pipe $(INCLUDES) +#CXXFLAGS= -DNDEBUG -O1 -Wall -W -pedantic -ansi -pipe $(INCLUDES) +#CXXFLAGS= -DNDEBUG -O3 -Wall -W -pedantic -ansi -pipe $(INCLUDES) + +Une dernière dernière information, dans le cadre des développements +exp, et tools, on utilise la librairie boost soit pour la +virtualisation du filesystem, soit pour le formatage des fichiers text +(réalisation de colonnes, mettre des entiers sur un certain nombre de +caractères). Une ligne de chargement des librairies peut apparaitre donc. + +LOADLIBES= -lboost_filesystem + +On retrouvera les includes suivantes dans les sources: + +#include <boost/format.hpp> +#include <boost/filesystem.hpp> + + +IV CHEMINS DES IMAGES +--------------------- + +Toutes les images ont toujours été locales sur mon ordinateur. La +politique a toujours été d'utiliser un fichier img_path pour coder les +chemins des images. Les chemins étant plutôt long, j'ai toujours eu +tendance à faire en sorte qu'ils soient compilés en dur (sauf pour la +partie développement tools qui est vraiment voué à donner des +exécutables indépendants et génériques). Le fichier mln/img_path.hh +code la position de toutes les images dans mon arborescence. Il faudra +donc veiller à changer tous les chemins pour les adapter au compte +dans lequel on voudra reprendre le code. Dans le code, les références +aux positions des images sont faites via des macros. + +Toutes les images sont située dans git/img. En règle générale, je ne +traite que des images au format .pgm, .pbm et .ppm. Il m'arrive +fréquemment de dumper des images au format .sh (gnuplot shell +image). Pour la branche tools, nous avons utilisé les dumps de milena +comme format de transfert d'un utilitaire à un autre. Les images sont +classées suivant leur provenance. Nous avons tout d'abord la base +OLENA (copie des images de tests milena), la base INIM (très peu +utilisée voire jamais), la base ICDAR (très utilisée, surtout dans +exp), la base AFP (très utilisée dans exp) et les bases ANNOTATING1 et +ANNOTATING2 (pas très utilisées ni l'une, ni l'autre). + +La plus part du temps, sauver les résultats dans le répertoire +d'exécution courant est largement suffisant. Parfois, il est +nécessaire de sauvegarder de grosses quantités d'informations et de +les classer comme dans la branche de développement exp. C'est pour +cela, qu'un certain nombre de macros définissent des endroits pour +sauvegarder les résultats lors d'expérimentation de grande ampleur sur +toute la base ICDAR ou AFP. + + +V GNUPLOT SCRIPT SHELL IMAGE FORMAT +----------------------------------- + +J'abrège le nom du format par gnuplot shell format. En fait, c'est un +format d'image particulier qui a besoin de gnuplot pour être lu. Il +est donc compatible avec aucun viewer si ce n'est gnuplot, mais a la +caractéristique d'afficher tous les points de manière visible. Par +ailleurs, comme il s'agit d'un script gnuplot il permet d'insérer très +facilement une fonction pour visualiser les données autrement (par +exemple, changer d'espace: HSL, HSV). Le fichier tire son nom de la +façon dont il fonctionne. C'est un script shell qui fait un appel à +gnuplot et lui passe le jeu de données directement à partir de ce même +fichier, pas besoin de faire appel à un autre fichier. Une fois +généré, le fichier doit être modifié pour avoir les permissions +d'exécution (chmod 755 gnuplot_shell_file.sh). Comme je trouve le format +extrêmement pratique, il se retrouve preque partout dans mes sources. + + +V MLN +----- + +a) La sauvegarde des images au format gnuplot shell + +* mln/io/plot/save_image_sh.hh: Librairie sauvegarde format gnuplot shell. + +to do ... + + + +b) Les histogrammes + +Un des travaux demandés par théo est la réalisation d'une librairie +d'histogramme permettant de fournir un résultat sous forme d'image. +L'intérêt est ensuite de pouvoir filtrer directement ces histogrammes +par les algorithmes de milena, ou encore d'étudier les valeurs +caractéristiques par d'autres accumulateurs. Les codes réellement +utilisés sont histo1d et histo3d RGB. Tous les autres codes sont très +expérimentaux. Notemment, le code HSL demande de quantifier l'espace +de comptage puisqu'il est décrit sous la forme de triplets de float +(les autres sont inférés). Néanmoins, le code est à conserver car il +contient une séquence d'appels pour les routines permettant de +considérer la dimension de la teinte comme circulaire. + +* mln/accu/stat/histo1d.hh: Accumulateur histogramme image1d. +* use/accu/stat/histo1d: Code minimal utilisant un histogramme 1d. + +* mln/accu/stat/histo2d.hh: Accumulateur histogramme image2d. +* mln/value/rg.hh: Définition du type vectoriel 2d rouge/vert (RG). +* mln/fun/v2v/rgb_to_rg.hh: Transformation de l'espace RGB vers l'espace RG. +* use/accu/stat/histo2d: Code minimal utilisant un histogramme 2d. + + +* mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh: Accumulateur histogramme image3d RGB. +* mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh: Accumulateur histogramme image3d HSL. + +* use/accu/stat/histo3_rgb: Code minimal utilisant un histogramme 3d RGB. +* use/accu/stat/histo3_hsl: Code minimal utilisant un histogramme 3d HSL. + + + +* tests/accu/stat/histo1d + + + + +* tests/accu/stat/histo2d + + + +* use/accu/stat/histo3d_rgb +* tests/accu/stat/histo3d_rgb + +* use/accu/stat/histo3d_hsl +* tests/accu/stat/histo3d_hsl + + +c) La visualisation des histogrammes 3d + +* demo/accu/stat/histo2d + +* mln/display/dispay_histo.hh +* mln/displayproject_histo.hh diff --git a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo1d.hh b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo1d.hh index fae94c8..7677d3b 100644 --- a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo1d.hh +++ b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo1d.hh @@ -328,7 +328,6 @@ namespace mln # endif // ! MLN_INCLUDE_ONLY - } // end of namespace mln::accu::stat } // end of namespace mln::accu diff --git a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo2d.hh b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo2d.hh index 11a1bb3..ee4d145 100644 --- a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo2d.hh +++ b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo2d.hh @@ -80,7 +80,7 @@ # include <mln/core/alias/point2d.hh> # include <mln/core/alias/box2d.hh> -#include <mln/literal/zero.hh> +# include <mln/literal/zero.hh> # include <mln/trait/value/comp.hh> @@ -182,6 +182,7 @@ namespace mln histo2d(); /// \} + /// Manipulators. /// \{ /// \brief Initialize the histogram with zero value. @@ -191,13 +192,15 @@ namespace mln /// density. void init(); + /// \brief Update the histogram with the RG pixel t. - /// \param[in] t a graylevel pixel of type V. + /// \param[in] t a R/G pixel of type V. /// /// The end user shouldn't call this method. In place of it, he can /// go through the data compute interface. void take(const argument& t); + /// \brief Update the histogram with an other histogram. /// \param[in] other the other histogram. /// @@ -269,6 +272,8 @@ namespace mln inline void histo2d<V>::take(const argument& t) { + trace::entering("mln::accu::stat::histo2d::take"); + // Just convert a greyscale value (int_u8 like) to a position for an // iterator on the resulting image. // Take care to the constructor : Point(slice, row, column) diff --git a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh index 35d78e2..a8888cd 100644 --- a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh +++ b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_hsl.hh @@ -168,6 +168,7 @@ namespace mln /// \ingroup modaccuvalues template <unsigned q, typename V> struct histo3d_hsl : + public mln::accu::internal::base<image3d<unsigned>, histo3d_hsl<q,V> > { typedef V argument; diff --git a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh index 6a48024..2fb6084 100644 --- a/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh +++ b/scribo/sandbox/green/mln/accu/stat/histo3d_rgb.hh @@ -179,6 +179,7 @@ namespace mln histo3d_rgb(); /// \} + /// Manipulators. /// \{ /// \brief Initialize the histogram with zero value. @@ -242,6 +243,7 @@ namespace mln histo3d_rgb<V>::histo3d_rgb() { trace::entering("mln::accu::stat::histo3d_rgb::cstor"); + typedef mln_trait_value_comp(V,0) comp0; typedef mln_trait_value_comp(V,1) comp1; typedef mln_trait_value_comp(V,2) comp2; diff --git a/scribo/sandbox/green/use/accu/stat/histo1d/histo1d.cc b/scribo/sandbox/green/use/accu/stat/histo1d/histo1d.cc index af39d94..ec80ff1 100644 --- a/scribo/sandbox/green/use/accu/stat/histo1d/histo1d.cc +++ b/scribo/sandbox/green/use/accu/stat/histo1d/histo1d.cc @@ -36,8 +36,6 @@ #include <mln/io/pgm/load.hh> #include <mln/value/int_u8.hh> - - int main() { typedef mln::value::int_u8 t_int_u8; -- 1.5.6.5